Andrés Aguilera es doctor en Biología por la Universidad de Sevilla además de Catedrático en Genética por la misma Universidad. Es todo un referente mundial en el ámbito de la genética.
Ha dirigido y co-dirigido una treintena de tesis doctorales y dirigido a más de 25 investigadores postdoctorales, además de diversos trabajos de Master. Desde 1990 ha sido el principal investigador de proyectos tanto nacionales como internacionales siendo de los primeros andaluces de conseguir los fondos Human Frontier Science Program, World Cancer Research y losde la modalidad Advanced del Consejo Europeo de Investigación (ERC).
Su grupo de investigación, formado por más de 20 investigadores, trabaja en investigación básica en las Áreas de Genética y Biología Molecular, sobre diferentes aspectos de la inestabilidad del genoma, una patología celular asociada al cáncer y a enfermedades genéticas propensas al cáncer.
Es director del Centro Andaluz de Biología Molecular y Medicina Regenerativa CABIMER desde 2016, donde investiga principalmente las células humanas y la levadura Saccharomyces cerevisiae, como modelo celular eucariota, con el objeto de entender el origen de determinados tipos de cáncer.